Dijital Patoloji’de Yapay Zeka ve Karar Destek Sistemleri

Dijital Patoloji’de Yapay Zeka ve Karar Destek Sistemleri
Röportaj: Beyza BAĞRIYANIK

Virasoft kurusucu Samet AYALTI  “Aslında milyarlarca detay arasında zoom in yaparak, tek bir hücreyi bile görebileceğimiz dijital objelere dönüştürerek, dijital patolojinin dünyasını başlatmış oluyoruz.

Ben Samet Ayaltı. 2016 İstanbul Teknik Üniversitesi bilgisayar mühendisliği mezunuyum. Çok başarılı bir öğrencilik hayatı geçirmedim o yüzden akademik tarafım hiçbir zaman oluşmadı. Hızlı bir şekilde girişimcilik hayatına başladım. Çocukluk arkadaşım Gökhan Hatipoğlu ile birlikte 2015 yılının sonunda Virasoft Şirketini kurduk. Şirketi devlet desteğiyle, teknogirişim sermaye desteği kazanarak kurduk. Şu anda 18 tane birbirinden kaliteli mühendis çalışıyor. Ekip arkadaşlarımızla beraber ağırlıklı olarak dijital patoloji konusunda çalışmalar yürütüyoruz. Temel konumuz ‘kanserde yapay zeka’ çalışmaları. Dijital patoloji alanında dört temel noktaya odaklanıyoruz. Bunlardan bir tanesi laboratuvarların dijitalleştirilmesi, ikincisi dijitalleştirilmiş veri üzerinden hekimlerle konsültasyon yapılacak platformların kurulması, Üçüncüsü bizim ana konumuz olan; Yapay Zeka çalışmaları, Patolojide karar destek sistemleri ve son olarak ta Patoloji ve Histoloji derslerinin dijitalleştirilmesi üzerine çalışmalarımız var.

Dijital Patoloji nedir? Çalışma şekli nasıldır? Bunlardan bahsedebilir misiniz?

Öncelikle patolojiyi idrak etmek gerekiyor. Ben bir bilgisayar mühendisi olarak patoloji ile ilgili çok detaylı bilgi veremem ama herkesin anlayabileceği dilden şöyle bahsedebilirim: Patoloji ağırlıklı olarak kanser hastalarının teşhisinin konulduğu laboratuvarlardır. Bir çok hastalıkla ilgilenen, fakat temelde ‘kanser’ hastaları ile ilgilenen bir laboratuvardır. Klinik tarafı herhangi bir hasta, bir şüpheli başvurup geldiğinde, klinik kısmı bu hastada kanser şüphesi hissettiği an, ondan bir biyopsi talep eder. Bu biyopsi ince bir iğneyle girilerek ilgili bölgeden de alınabilir veya ameliyatla şüphelenilen dokudan bir kesik şeklinde de alınabilir. Bu materyale biyopsi denir. Bu biyopsi materyali patoloji laboratuvarlarına gönderilir, gönderildikten sonra belli başlı prosesleri var. Belli başlı kimyasal dondurucular, boyalar vs işlemlerden sonra, hepimizin ilkokuldan bildiğimiz aslında cam preparat şeklinde objelerin kesilerek üzerine bırakılıyor bu materyaller. Cam preparatlar hazırlandıktan sonra da patoloji laboratuvarında ki ilgili hekimlere teslim ediliyor . Bunlara da patolog diyoruz biz.

Patologlar bunlara mikroskobu takarak çok yüksek büyütmelerle buradaki dokuyu inceleyerek bir rapor yazıyor. Baş parmağımız kadar bir alanda bile 1,5 milyondan  fazla bir hücre olabiliyor. Hekim buradaki her bir hücreye ayrı ayrı detaylı bakabiliyor. Dijital patoloji burada nerde sürece dahil ediliyor ? Bu hekime verilen cam preparat mikroskoba değil de bir tarayıcı cihazına sokuluyor, bu tarayıcı cihazına sokulduktan sonra aslında hepimizin hayatında olan bir dijital resim haline dönüşüyor bu dokular. Örnek olarak hayatımızda kullandığımız Google Maps ve Yandex kullanıyoruz burada uygulamalara dikkat edersek dünyanın en uzak görüntüsünden, en dipteki detaya kadar indiğinizde küçük dükkanların isimlerini bile okuyabilirsiniz. Aslında milyarlarca detay arasında zoom in yaparak çok önemli bir detayı fark etme imkanı sunuyor. Bu resimlerde aynı mantıkla oluşturulup, tek bir hücreyi bile görebileceğimiz objelere dönüştürüyor bu tarayıcılar sayesinde. İşte o zaman dijital Patolojinin dünyası başlıyor, bu veri dijitalleştikten sonra bizler bu dijital veriler üzerinden ilgili uygulamaları geliştiriyoruz.

Virasoft Dijital Patoloji Karar Destek ve Yapay Zeka hakkında neler söylersiniz?

Bu veri dijitalleştirildikten sonra biz bu veriyi artık bilgisayar platformu üzerinden istediğimiz algoritmaya üretebilmek için kullanabiliyoruz. Burada da aslında karar destek sistemleri adına konuşmak gerekirse teknik olarak ikiye ayrılıyorlar. Birincisi, geleneksel görüntü işleme metotları ile birlikte hekimi hızlandıracak algoritmalar üretmek, ikincisi de hekimlerin asıl rapor yazdıkları süreçler. İlgili dokuya bakıp bir kişinin ne derece kanser olduğunu belirlediği deseni tespit edebilen yapay zeka geliştirmek. Bizim bu iki alanda da çalışmalarımız mevcut. Üç yıldır ürettiğimiz 15’in üzerinde algoritmalar var ve bunlar da aktif olarak kullanılıyor şu anda. Biz temelde, hekimin çok zamanını alan ve hekime karar verirken bazı zorluklar çıkaran sonuçları, bilgisayarda hesaplayıp karşısına çıkarmaya çalışıyoruz. Özellikle Acıbadem ile özel bir projemiz var. Acıbadem içinde dijital patoloji ile birlikte ülkemizde en çok gözüken dört kanserle ilgili bir çalışmamız mevcut. Meme kanseri, prostat, akciğer ve karaciğer kanserleri üzerine yapay zeka çalışmaları yürütüyoruz.

Dijital Patolojinin tedaviye etkisi, sağlık kurumlarına ve hastalara mali etkisi ne şekildedir?

Aslında iki şekilde yaklaşabiliriz buna. Birincisi kanser hastalığının, tedavi süreçlerinin en pahalı hastalığı olarak tanımlayabiliriz. Ülkemizde bu, devlet desteğiyle gerçekleştiriliyor ama gün sonunda bu hastalıkta yapılacak herhangi bir hata, herhangi bir hatalı rapor tek bir hastada bile milyonlarca liranın çöpe gitmesi anlamına gelebilir. İnsan hayatında etkisi ise, bireyin yanlış bir raporla yola çıkması, hem onun kalan ömür süresini etkiliyor hem de tedavi edilebilme imkanını ortadan kaldırabilecek hatalar ortaya çıkarabiliyor. Biz dijital patoloji ile birlikte bu süreci kusursuz hale getirmeye çalışıyoruz. Olabildiğince kusursuza yaklaşabildiğimiz senaryoda, herhangi bir  kanser hastasının, en mantıklı tedaviyi alabileceği senaryoyu yapmaya çalışıyoruz. İkinci olarak dijital patolojinin bu tedavi süreçlerine etkisi anlamında patoloji, aslında inanılmaz bir okyanus çok derin bir bilim dalı. Burada tecrübe çok önemli. Sizde tahmin edersiniz ki, her alanda deneyimli insanların olduğu gibi aynı alanda çalışan deneyimsiz insanlar da olabiliyor. Burada deneyimsizlikten kastım kötü anlamda değil, yeni mezun olmuş bir patolog ülkemizde herhangi bir noktada göreve hizmet verebiliyor. Dijital Patolojinin yardımıyla birlikte, aslında çok deneyimli olan başka akademisyenlere, anında o veri Dijital hale geldikten sonra ulaşarak, daha doğru raporlar yazmasını sağlıyoruz. Yani dijital Patolojinin sadece yapay zeka ile değil; konsültasyon platformlarıyla da hastanın doğru tedavi ve doğru raporu elde etmesini sağlıyoruz.

Son olarak Dijital Patolojide Yapay Zeka teknolojilerinin gelecekte nasıl olmasını bekliyorsunuz? Dünyada benzer örnekleri var mıdır? Gelecekte firmanızı ve ürününüzü nerede görüyorsunuz?

Şöyle ki bizimle benzer işler yapan bizim coğrafyamızda başka bir ekip yok. Ama genel rakiplerimiz Amerika’da ağırlıklı olarak. Dünyada bu benzer işleri yapan ticari anlamda üretmeye çalışan, yerli şirket olarak dünyadaki nadir 15 ekipten bir tanesiyiz. Bir önceki soruda da söylediğim gibi aslında patoloji inanılmaz bir derya. Dünya genelinde de tartışılan konulardan bir tanesi: Patologların yazdığı raporları, yapay zekalar bir gün yazabilir mi? Bunu çok ciddi anlamda birçok konsensus tartışıyor. Benim bir bilgisayar mühendisi olarak genel kanaatim, yakın gelecekte bunun mümkün olmadığıdır. Ama uzak gelecekte patologlar olmadan da rapor yazılabilecek algoritmalar üretebileceğine inanıyorum. Çünkü yapay zeka katlanarak kendini geliştiren bir ortam. Yakın gelecekte hekimlerin yerini alacak bir yapı değildi, hekimlere destek olacak, onları hızlandıracak bir platform haline gelecek Dijital Patoloji ve Yapay Zeka. Bizim ürünlerimizi nerede görüyorum kısmına gelirsek, burada şirket olarak hedeflerimizi anlatmaya çalışabilirim size. Ülke içinde 40’tan fazla noktayı dijital patoloji ile tanıştırmayı hedefliyoruz. Şu anda 15’ten fazla noktada bunu gerçekleştirdik. Sağlık Bakanlığımızın yeni bir organizasyon olarak dizayn ettiği son birkaç yılda şehir hastanelerinde örnek çalışmalar yürütmeye devam ediyoruz .Sadece özelde değil; devlet hastanelerinde de yapıyoruz. Ankara Şehir hastanesinde aktif olarak ürünlerimiz algoritmalarımız kullanılıyor. Günde 10’dan fazla hastanın raporuna dokunmaya, hekimlere yardımcı olmaya çalışıyoruz. Temel hedefimiz: Ülkemizde bunu 40’tan fazla noktaya idrak ettirmek ve kurabilmek. Sonraki hedefimiz de bunun ihracatını yapmak. Bu konuyla ilgili de girişimlerimiz var ama hem Uzakdoğu’da hem Amerika’da bu önemli algoritmaların Türkiye’de kurduğumuz gibi farklı noktalarda da kurulmasını sağlayarak, ülkemize döviz akışı sağlamaya çalışacak ekiplerden bir tanesiyiz. Son hedefimiz de, akademik anlamda literatüre çok ciddi katkımız var. Dünyayla paralel gidiyoruz bu konuda Türkiye olarak. Kesinlikle geri kalmıyoruz. Buradaki çalışmalar arasında, dünyada ses getirecek çok ciddi çalışmalar yapmayı hedefliyoruz yapay zeka ve kanser üzerine. Bu da bizim temel hedeflerimizden bir tanesi.

Son olarak eklemek istediğiniz bir şey var mı?

Bu röportajı dinleyecek olan genç mühendis arkadaşlarım olursa, özellikle bilgisayar mühendisi ve biyomühendislik anlamında eğitimlerini tamamlamış insanlar için bu alan çok bakir duruyor. Onlara ciddi seviyede öneriyorum. Dijital Patoloji ve Yapay Zeka üzerine. Dünyada çok az  grup bu alanda çalışıyor. Literatürü geliştirmemiz için çok fazla geniş grupların bu alanlarda çalışmasına ihtiyacımız var. Şiddetle tavsiye ediyorum.

Beyza Bağrıyanık